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本发明一种离子束辐照制备铌酸锂纳米点畴结构的方法和装置。本发明方法为：1）将待加工的铌酸锂样品固定在离子束刻蚀设备的样品台上，调整使离子束的入射角达到工作角度；调整使离子源的中心与工件中心重合；2）将离子束刻蚀设备抽至高真空，真空度低于2×10‑3Pa；通入高纯度99.999%惰性气体氩气或氙气，利用气体流量计控制气体流量，使工作真空保持在2×10‑2 Pa到8×10‑2Pa；3）设置样品台旋转速度、开启离子源，对铌酸锂样品进行离子束辐照，样品台的转速为6~80转/分钟；4）将辐照后的铌酸锂晶体置于高温炉中进行温度80~350℃，时间0.2~3小时的热处理。本发明利用离子轰击在样品表面诱导形成自组织纳米点畴结构，并且可以通过调控离子束参数来控制所获得的纳米畴结构的特征。