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本发明涉及基于深度学习的种子发芽试验自动监测系统，包含观测装置、监测系统；观测装置包含视频采集装置；视频采集装置包含摄像机、调节定位装置；监测系统包含视频信号接收模块、发芽状态分析模块；视频信号接收模块接收视频信号；发芽状态分析模块接收视频信号，进行识别操作和分析操作，获得发芽状态分析结果；非极大值抑制算法包含包围框相交面积，包围框中心点距离；还包含多目标中心点距离过近抑制算法；发芽状态分析结果包含已发芽种子数量、未发芽种子数量、发芽率和已标定培养皿图像数据。本发明实现多种摄像机适配；降低设备成本；既可对离线图像分析，也可实时分析；高精度、实时种子状态判断；提高工作效率。