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本发明涉及一种用于超声扫描显微镜的去气泡设备，包括水槽、检测装置、导轨机构、驱动装置、去气泡装置和控制装置；所述水槽为开口向上的箱体结构；所述检测装置处于所述水槽一侧的外部；所述导轨机构安装在所述水槽开口处一端且对应所述超声换能器远离所述检测装置一侧的位置，所述去气泡装置沿横向、纵向和竖向可滑动的安装在所述导轨机构上，所述驱动装置安装在所述导轨机构上并驱动所述去气泡装置滑动；所述去气泡装置设有滑动后对准超声换能器中的气泡再喷出耦合介质的喷管；所述控制装置分别通过控制线路连接所述驱动装置和所述去气泡装置。该去气泡设备不仅可以实现去除超声换能器下方的气泡，还能对超声换能器进行一定的清洗。