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本发明公开的微控制器应用功能性能完整性测试方法及系统，涉及电数字数据处理领域。本发明从应用场景的角度出发，考虑用户的使用情况，基于待测试微控制器的片上资源和应用需求设置测试指标参数、对比式测试方法和合格判断依据，并基于设置的测试指标参数和对比式测试方法搭建测试环境，以便科学、合理地进行微控制器的应用功能性能完整性测试，有效的验证了器件的可用性和兼容性，不仅能够指导用户合理使用元器件，降低电子元器件的应用风险，还可以把发现的问题反馈给芯片研制单位，为提升器件自主可控能力提供有效的支撑，可协助解决微控制器验证过程中无依据和验证平台的难题，进而加快推进中国自主生产可控芯片在工程上的应用。