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本发明适用于环境检测相关技术领域，提供了含有滤水采样组件的微生物采样器及其应用，包括：壳体；滤水采样组件，安装在壳体顶部；泵水件，用于往壳体内部泵水，使得壳体在水中下沉，进而带动滤水采样组件下沉；螺旋桨组件，安装在壳体上，用于使得下沉的壳体在水中移动；充气排水组件，用于往壳体内充气，以排出壳体内的水，使得壳体上浮带动滤水采样组件上浮进行采样；以及转杆，所述转杆安装在壳体上，所述转杆底部安装有驱动转叶，所述驱动转叶设置在壳体内，所述转杆顶部固定设置有切割件，本发明的有益效果是：规避了传统采样水面取样难度大、容易导致采样污染的缺陷，取样简单，保证采样研究结果的精确性，同时能够降低混杂度以及人工劳动强度。