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本发明公开了一种利用红薯加工废水制备微生物絮凝剂的方法及应用，包括将絮凝微生物直接植入以红薯加工废水配置的发酵培养基，在发酵过程的特定时间补充磷酸盐和红薯加工废水，发酵获得发酵液；采用旋转蒸发和冰浴丙酮提取微生物絮凝剂；所制备的微生物絮凝剂应用于红薯加工废水的处理和污泥脱水处理，处理中阶段性投加微生物絮凝剂，在降低微生物絮凝剂使用量的同时提高COD和SS的去除效率；本发明制备方法和提取工艺简便、发酵时间短，大大降低了微生物絮凝剂的制备成本。制备得到的微生物絮凝剂适用范围广、絮凝活性高达96.5％以上，对废水中的COD、SS等的去除效果良好，并能够大幅提高污泥脱水效率。