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本发明涉及基因组数据库的构建技术领域，尤其涉及一种病原微生物基因组数据库的构建方法。所述方法包括以下步骤：对病原微生物基因组序列进行病原特征点位解析，得到病原特征点位数据；根据病原特征点位数据对病原微生物基因组序列进行生理生化特性分析，并进行基因组演化关系模拟，而后进行前置关系联动识别，得到前置关系联动数据；对前置关系联动数据进行关系嵌套结构分析，并进行关系编码索引构建，得到联动关系编码索引；对联动关系编码索引进行动态检索条件匹配，并进行基因组数据库构建，得到病原微生物基因组数据库。本发明通过对基因组数据库的构建技术进行改进处理使得基因组数据库的构建技术更加完善。