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本发明属于海洋生物运输领域，具体的说是一种长时间运输海洋生物的运输方法及其运输容器；包括运输箱体、盛放箱、水泵和鼓风机；所述运输箱体的内部设有盛放箱；所述运输箱体的侧面固连有处理块；所述处理块的内部开设有对流腔；所述处理块的内部固连有水泵；所述处理块的内部固连有鼓风机；通过本发明有效的实现了对水的吸出并在专门进行处理，通过将盛放箱内部的水吸入对流腔，再通过对流的方式与空气大面积的接触，使得水中的氧含量得到快速增加，然后再将稳定的水回流到盛放箱的内部，保证了盛放箱内部的水出于相对稳定的状态，满足了海洋生物的耗氧需求，同时减少了对海洋生物的活动干扰，提高海洋生物在长时间运输中的存活率。