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本发明公开了一种病理影像扫描分析系统及方法，涉及病理影像扫描分析技术领域，通过影像扫描模块进行影像扫描，并将扫描的结果传输至影像分割模块中，影像分割模块将整体影像划分为多个影像分区域，影像数据处理模块先将各个影像分区域的密度分析值PM计算输出，再将大于设定的健康影像密度分析值PM0的影像分区域，依次计算输出异常程度值YQ和最终分析结果值FJ，病理分析模块根据最终分析结果值FJ与设定的健康影像最终分析结果值FJ0的对比分析，进行直接输出以及迭代，且迭代至最终分析结果值FJ出现连续下降趋势时停止，并进入病理分析，本发明能提高影像分割准确性，增强异常检测敏感度以及实现智能反馈调整。