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本发明涉及微生物领域，尤其涉及一种冻土微生物分层取样设备。技术问题是：冻土的土壤比常温的土壤要坚硬，对工作人员的体力消耗大，另外对冻土内的微生物往往需要分层研究，以研究不同硬度冻土内微生物的生存情况，目前暂无对冻土分层的设备，需要工作人员手动完成。技术方案是：一种冻土微生物分层取样设备，包括有第一安装板、把手和取土单元等；第一安装板上侧右部连接有把手；第一安装板上侧连接有取土单元。本发明实现了对冻土微生物的取样，通过让转筒转动，使得转筒可顺畅的插入冻土内完成取样，而后通过对冻土进行硬度检测，按照需求对冻土进行分层收集，并在冻土软化后对植被根茎去除，防止影响后续微生物的研究。