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本发明涉及一种东莨菪内酯的酶法制备方法，具体包括先制备含有F6’H1基因和阿魏酰辅酶A合成酶基因的重组基因工程菌；再将重组基因工程菌活化、发酵后，以阿魏酸为底物再发酵培养转化得东莨菪内酯。经基因序列优化后，本发明首次将阿魏酰辅酶A合成酶和F6’H1酶同时构建在大肠杆菌中且实现二者同时高效的功能性共表达。建立了以价格低廉、安全低毒可持续的阿魏酸为底物，通过“两个酶‑两步催化‑一锅合成”的方式快速高效便捷合成具有高附加值的产物东莨菪内酯。本发明以1mM阿魏酸为底物催化12h后，生产摩尔产率达到86.5％，获得以阿魏酸为底物生产东莨菪内酯最高产量166.28mg/L，催化过程简单、环保，具有广阔的工业化应用前景。