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本申请提供了一种河道安全监测方法及系统，涉及河道流量监测的技术领域，所述方法包括：获取目标监测断面区域的河床高程分布数据，将目标监测断面区域划分为多个测流分区，获取各测流分区断面参数，并在各测流分区设置采集河水流速数据的雷达流速传感器，在任一测流分区设置测量第一河水水位数据的雷达水位传感器；构建水力动力学模型，输入河水流速数据得到对应测流分区的平均流速数据；依据第一河水水位数据和河床高程分布数据计算剩余测流分区的第二河水水位数据，根据断面参数、第一河水水位数据及第二河水水位数据和平均流速数据计算瞬时流量与累计流量，在累计流量超出预设流量阈值时发出告警信号，本申请能够提高监测结果的准确性。