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本发明公开了基于Petri网与全连接神经网络的柔性流水车间调度方法，包括如下步骤：S1，利用库所赋时Petri网，对柔性流水车间进行建模；S2，输入训练任务，根据库所赋时Petri网的运行规则，设计启发式数据集的生成算法，获取系统动态演化的所有状态集合，所述状态对应完成训练任务的调度方法；S3，设计全连接神经网络学习模型，从数据集中学习库所赋时Petri网行为的启发式；S4，输入目标任务，通过全连接神经网络模型结合启发式算法，得到完成目标任务的最优或次优调度方法。本发明可以解决柔性流水车间求解调度策略过程中面临的状态空间爆炸难题，为实际制造系统提供高效、柔性的调度优化解决方案，在保证产品质量前提下获得最短完工时间。