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本发明公开了一种脉冲神经网络的小分子药物动态分析系统，涉及药物分析领域，包括：管理模块，用于控制各功能模块与单元的操控指令的编辑与发送；数据收集模块，用于收集已知的药物化合物结构数据以及对应的生物体内表现数据；模型构建模块，用于构建脉冲图神经网络模型架构，基于数据收集模块所采集药物化合物结构数据以及对应的生物体内表现数据作为训练样本进行训练；生物神经网络的脉冲计算，能够更好地模拟生物系统的特性及其动态过程，从而提高对复杂药物分子行为的预测精度，通过动态调整在输入数据分布上进行训练，脉冲图神经网络具备更强的泛化能力，捕捉误差来源，从模型识别输出中不断调整模型结构和参数，实现动态优化。