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本发明属于微生物菌剂的制备，特别是指用于芽孢杆菌菌剂灌装的巴氏灭菌灌装设备及其应用。用于芽孢杆菌菌剂灌装的巴氏灭菌灌装设备，包括与反应釜底部物料输出端连通的管路及阀门，设置于管路上的分配站；所述与分配站的输出端相连的管路外侧包覆有可与管路内输送物料进行热交换的加热套，加热套上开设有与其内腔连通的加热套入口及加热套出口，加热套一侧的管路输出末端连接灌装机，灌装机的物料输出接冷水池。本发明有效解决了现有微生物菌剂类产品生产、储运过程中处置不当易造成涨瓶、菌剂变黑变臭的问题，具有生产、包装、储运过程中活菌损失小，可以减少产品次品率，节约生产成本，提高产品质量和档次等优点。