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本发明公开了一种微生物的摇菌装置，包括箱体，所述箱体内水平设有转轴，所述齿条下端固定连接有第一滑块，所述箱体内底面上设有与第一滑块匹配的第一滑槽，所述齿条与第一齿轮啮合，所述箱体侧壁上设有与齿条匹配的第一开口，所述齿条一端贯穿箱体侧壁上的第一开口并延伸至外部，所述第二齿轮与齿条啮合，所述转轴上侧竖直设有固定杆，所述连杆远离固定杆的一端固定连接有摇菌床，所述箱体内侧壁上固定连接有弧形齿条，所述弧形齿条与锥齿轮啮合，所述箱体上端设有第二开口，所述箱体上设有限制箱盖转动的限位机构，所述箱体下端固定连接有减震机构。本发明结构合理，可以使摇菌更加充分均匀，同时具有减震效果。