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本发明公开了一种海洋生物肥料及其制备方法和应用，所述海洋生物肥料的制备方法包括以下步骤，S1：制备海洋有机基质；S2：制备碱化牡蛎壳粉；S3：制备海洋生防菌菌体Trichoderma sp.SU2；S4：将海洋有机基质与碱化牡蛎壳粉按质量比为1～2:1混合后，加入海洋生防菌菌体，使有效的海洋生防菌活菌数≥1亿/克，搅拌均匀，翻晒，加水至含水量为20‑25％，室温下进一步扩大发酵培养2～5天，即得海洋生物肥料。利用本发明中的制备方法制备出来的海洋生物肥料能够有效改良南方酸性土壤，不仅破解了海洋生产废弃物的环境污染大、附加值不高、废料资源化利用技术欠缺等问题，还能够对地方生态环保和产业增收做出重要贡献。