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本发明涉及保密通信技术领域，具体涉及一种基于高分子模拟的保密通信方法，该方法执行以下步骤：构建密钥元组池，密钥元组池中包括多个随机分布的加密元组，每个加密元组为一个存储单元；进行目标高分子解析，具体包括：基于要解析的目标高分子，生成目标高分子的结构特征；结构特征包括：组成目标高分子的原子数量和原子的连接关系。本发明所使用的保密通信方法，在现有技术的加密的基础上，引入了基于化学结构的加密手段，该方法创造性的将高分子的分子结构作为加密密钥，与传统的密钥生成技术完全不同，而由于高分子结构的复杂和多变性，使得破解的难度大大增大，同时本发明使用双重加密的手段，更进一步提升数据的安全性。