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本发明公开了一种共价交联碳纳米点自组装材料的制备方法，步骤为：将叠氮修饰的碳纳米点和炔基修饰的碳纳米点溶于双蒸水中，加入还原剂溶液和铜源溶液，静置反应后离心保留沉淀，再用双蒸水和无水乙醇洗涤并干燥，得棕色粉末即为共价交联碳纳米点自组装材料。本发明采用生物正交“点击”反应，构建共价交联的CND自组装材料，用共价键代替非共价键，将游离的CND颗粒共价交联形成有序的组装材料，从而稳定颗粒间的电荷密度分布和电子跃迁过程，维持增强的近红外光吸收能力和光热转换性能，制备出的自组装材料粒径为5‑15nm，在808nm光照条件下，其光热转换效率达到46％‑53％，对耐万古霉素肠球菌的光热和光动力灭菌治疗效果明显。