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本发明涉及一种农业根结线虫复合生防菌剂的制备方法及其应用，该菌剂是由保藏号为CGMCC No.10026的淡紫拟青霉YT08经固体发酵获得的，其对农业根结线虫病害具有强抑制效果。本发明的固态发酵涉及优选的培养基：干啤酒糟17～30%，麸皮4～8%，花生壳粉碎物3～6%，大豆蛋白胨2～5%，粉末壳聚糖（90%以上的脱乙酰度）2.55～7.5%，蟹壳粉1～2.25%，NaCl 0.2～0.5%，CaCl20.1～0.3%，MgSO40.1～0.3%，FeSO40.05～0.15%，含水量为40～70%。本发明中的制备方法具有原料成本低、易于操作控制、产品功效强和适合工业化生产等特点。