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本申请公开了一种水利水电工程实时监控管理方法及系统，涉及水利水电领域：采集环境数据X和效应数据Y，构建环境数据X和效应数据Y之间的相关系数矩阵；构建异常检测算法库，根据相关系数矩阵和异常检测算法库，构建评估指标矩阵；根据评估指标矩阵，选择每种监测数据的最优异常检测算法；根据最优异常检测算法对采集的监测数据进行异常值处理；将异常值处理后的监测数据按照季节和工况分组，结合相关系数矩阵，通过统计计算各组数据的均值和标准差，得到均值±2σ作为一级预警阈值和均值±3σ作为二级预警阈值；根据一级预警阈值和二级预警阈值进行监控管理。针对现有技术中水利工程阈值设置缺乏灵活性导致监控精度低，本申请提高了监控精度。