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本发明公开了一种基于AI的基因数据分析系统，通过多组学数据矩阵；通过1D‑CNN一维卷积神经网络对所述多组学数据矩阵进行局部关联模式挖掘，通过持续同调分析识别基因网络的拓扑结构，并利用动态注意力机制对序列特征和拓扑特征矩阵分配动态权重，输出加权后的多尺度特征向量；基于Transformer架构建立多模态融合模型对所述多尺度特征向量进行融合，利用预训练模型的通用基因组特征微调适配疾病数据集，输出融合特征向量；将所述融合特征向量输入MLP多层感知机进行疾病风险预测，结合SHAP算法生成疾病风险预测指数，根据预测指数生成辅助决策方案。有效提高了疾病风险分类的准确性和泛化能力。