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本发明公开了基于超像素与拓扑特征的航拍图像单株树冠分割算法，包括：对原始航拍图像进行SLIC超像素分割，同时利用HED网络获取图像的冠状边界；计算出相邻两个超像素之间的三个相似性测量指标，即相邻两个超像素的RGB平均值的差值、相邻两个超像素区域的相交像素个数和与从HED网络中得到的边界像素相交的个数，并用它们构造相邻两个超像素区域之间的相似度权重；基于每个超像素的中心点构造超像素邻域连通图，从超像素邻域连通图中提取最小生成树生成航拍图像的连通树，并根据相似度权重将超像素进行合并，实现单株树冠的分割。本发明将超像素分割和拓扑图方法相结合，能够准确有效地将单株树冠从航空图像分离，分割精度高。