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本申请涉及一种冻干筒的组装设备及组装工艺，属于冻干筒组装的技术领域，一种冻干筒的组装设备包括底板、设置在底板上的第一定位模具以及设置在第一定位模具上方的第一按压组件；所述第一定位模具上设有供筒本体插接的插接孔；所述第一按压组件用于将筒本体压牢在安装模板上；所述组装设备还包括可拆卸设置在安装模板上的用于对筒本体、滴管以及密封盖定位的第二定位模具；所述第二定位模具上设有供筒本体、滴管以及密封盖插接的插接孔。本申请具有在很短的时间内大批量完成冻干筒的压盖密封工作，减少冻干筒从冷冻干燥机出箱后在外界空气中的暴露时间，降低冻干品吸潮，提高产品质量；且具有省时省力的对冻干筒进行组装，提高工作效率的效果。