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本发明涉及基因数据处理技术领域，提出了一种等位基因的信息化鉴定方法，包括：获取待鉴定基因碱基序列、比对基因碱基序列；采用序列匹配算法获取待鉴定基因碱基序列与比对基因碱基序列的基因相似得分系数；根据待鉴定二级序列与比对碱基二级序列之间碱基的匹配特征获取序列匹配得分系数以及基因差异反馈系数；根据基因差异反馈系数获取待鉴定匹配碱基序列与比对匹配碱基序列之间的基因吻合优异指数；根据基因吻合优异指数的取值情况以及等位基因类别关联指数获取等位特征向量；采用聚类算法得到比对基因碱基序列的分类结果；根据分类结果得到等位基因的鉴定结果。本发明避免两个基因序列的相同位点碱基直接匹配导致等位基因鉴定精度低的问题。