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一种制作去质子化视黄醛发色团LYR分子力场文件的方法

Name: 一种制作去质子化视黄醛发色团LYR分子力场文件的方法
Brand: 重庆邮电大学
SKU: 2023100302922
Availability: InStock

📄 申请号：CN202310030292.2 📄 发布日：2026/07/20

著录项目信息

申请日

2023-01-10

公开号

CN116312821B

公开日

2026-03-17

申请人

重庆邮电大学

法律状态

已下证

专利类型

发明

主分类号

G16C10_00

IPC 分类号

G16C10_00 , G16C20_10 ,

技术画像

所属领域

计算化学计算化学分子动力学模拟力场参数化

应用场景

分子动力学模拟, 药物设计, 结构生物学, 光敏蛋白研究, 生物大分子模拟

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摘要

本发明公开了一种制作去质子化视黄醛发色团LYR分子力场文件的方法，属于生物物理学领域。具体步骤如下：(1)基于已有的处理质子化发色团LYR分子力场文件，在描述结构的rtf文件中删除席夫碱氮上面的氢原子以及更改相应的成键项；(2)用在线工具CGenFF重新生成删除氢原子后发色团LYR的电荷分布；(3)用量子化学计算方法验证上述电荷分布；(4)根据已有的去质子化参数文件，正确设置prm文件里面bonds，angles，dihedrals，impropers项；(5)合并重新生成后的rtf和prm文件为str格式用于处理视蛋白去质子化的发色团LYR；该方法具有准确性高、可靠性强、操作简单等优点，且该发明方法解决了普通分子力场(如Charmm、Amber等)中不能处理去质子化视黄醛的问题。

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权利要求书 (12项) 说明书附图

……

图1

图2

图3

法律状态时间线

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