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本发明公开了一种AT指令处理方法、装置及系统，用以实现AT指令的并行处理，降低AT指令阻塞时长，提高AT指令的处理效率。该方法为：应用处理器将预期处理时长超过设定阈值的AT指令加入至少两个指令队列中的第一指令队列，将预期处理时长未超过设定阈值的AT指令加入至少两个指令队列中总预期处理时长最小的指令队列中，根据指令队列与基带处理器的虚拟端口的对应关系，分别从各指令队列中获取AT指令通过其所属的指令队列对应的虚拟端口发送给基带处理器并行处理；应用处理器从相应的虚拟端口获取基带处理器返回的AT指令的处理结果，并从与所述虚拟端口相应的所述指令队列中删除获取处理结果的所述AT指令。