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本发明公开用于低温等离子体系统的多路并联逆变控制方法及其系统。本发明通过电流检测电路获取初始输出电流有效值I；初始输出电流有效值I通过电流检测电路输送至低温等离子消融手术系统的单片机内进行电流有效值阈值判断，从而判断需开通n路推挽逆变电路；单片机控制n个信号输出端控制CPLD输出n组PWM波，从而实现n个推挽电路并联，或电流判断后，单片机控制n个信号输出端，通过光耦控制相对应推挽逆变电路上的两个继电器通断状态，从而实现n个推挽电路并联。本发明解决了因等离子体手术系统使用部位组织不同，导致使用过程中功率输出不够的现象，也解决了由于强行大功率输出或仪器长时间、满负荷工作导致的烧掉手术主机现象。