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本发明公开用于超快光纤激光器中最短脉冲的智能优化方法及系统，属于超快光纤激光器自动控制领域；方法包括：采样锁模激光器的输出信号形成数据集；利用数据集来训练结合注意力机制的递归神经网络，并输入目标锁模光谱得到角度解集合；使用BFGS算法，搜寻最短脉冲锁模所对应的光谱的角度解，并基于此产生控制信号，实现自动锁模；进入光谱监测模式，若监测到失锁，最大调整角度步长为Smax，初始调整角度步长为0.2°，执行自适应恢复算法；若成功恢复锁模，则转到光谱监测模式，否则执行所述自适应恢复算法；若调整步长小于Smax，则执行自适应恢复算法；否则，重新训练网络。解决了基于非线性偏振旋转的超快光纤激光器无法快速锁模、容易失锁的问题。