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本发明涉及音频噪声过滤技术领域，具体涉及一种动漫数据智能编码存储方法及系统。首先获取动漫的原始音频数据，基于扩展卡尔曼滤波获得预测音频数据，对音频采样点在原始音频数据和预测音频数据中幅值差异的变化情况进行分析，筛选待定采样点；然后分析每个待定采样点的局部范围内音频采样点的幅值差异的波动情况从而确定待定采样点的平滑必要性，进而根据局部范围内各待定采样点的平滑必要性的分布情况获得待定采样点的平滑参数；从而根据平滑参数对原始音频数据幅值和预测音频数据幅值进行加权分配，实现去噪的同时极大程度上保留音频细节信息；对音频数据进行重构，获得音频输出数据，保证了音频输出数据编码存储后的质量。