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一种基于物理对齐和轮廓匹配的多模态颈动脉MRI配准方法，包括以下步骤：1)计算图像空间物理坐标；2)统一体像素间距转换图像格式；3)确定多模态图像层间对齐关系；4)各序列多模态二维图像内壁分割：依次选定某序列MRI图像，确定该序列图像的分割起始层和终止层，在起始层图像选定颈动脉所在的ROI，利用分割方法实现整个序列的连续自动分割；5)基于内壁轮廓的三维配准：利用清晰的内壁轮廓分割结果进行三维的连续配准。本发明对各种类型的颈动脉多模态序列图像是有效的，很好地达到像素间的对齐配准，从而方便医生后续的诊疗判断以及斑块成分分析。

本发明提供一种三维CT图像对齐方法及系统，包括以下步骤：获取待对齐的两张三维CT图像；根据两张三维CT图像确定两张骨骼MASK二值图；确定两张骨骼MASK二值图中Z方向坐标的所有数值以及每个数值对应的XY平面；确定两张骨骼MASK二值图中每个XY平面的像素和；根据每个XY平面的像素和对齐两张骨骼MASK二值图的Z方向；根据对齐后两张骨骼MASK二值图的Z方向得出已对齐的两张三维CT图像；本发明具有以下有益效果：本发明先对齐两张骨骼MASK二值图的Z方向，然后再根据对齐后两张骨骼MASK二值图的Z方向得出已对齐的两张三维CT图像，从而实现了将两张三维CT图像对齐的目的，不但对齐效果较好，而且对齐所花费的时间较短。