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本发明公开了一种基于垂直边界截断射线的电离层层析方法，涉及电离层层析成像技术领域，该方法包括：获取目标区域中每个体元的初始电离层电子密度和GNSS卫星传播路径上的电离层TEC值；对目标区域进行扩展，使目标区域之外一定范围内的GNSS测站囊括于所述目标区域之内；针对目标区域一定范围内的GNSS测站，计算垂直边界的截断TEC值；针对目标区域内的GNSS测站，计算垂直边界的截断TEC值；构建基于垂直边界截断TEC值PrTEC和PsTEC的三维电离层层析模型。本发明的方法基于穿过垂直边界的截断射线构建电离层三维模型，提高了电离层层析反演精度，在GNSS导航定位精度提高和空间环境的减灾和防灾能力中具有重要的应用价值。