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本发明公开一种快速确定有效体积的同化箱系统及使用方法，同化箱系统包括同化箱、CO2分析器，同化箱和CO2分析器之间通过CO2进气管路和CO2出气管路连通，同化箱内固设有传感器模块，传感器模块的传感器包括气压、温湿度、光照度传感器；传感器模块通过同化箱侧面密封的小孔连接数据采集/显示模块，同化箱上还设有压力平衡装置和CO2气体注入装置；CO2注入装置包括穿板接头和输气装置，穿板接头内部固设密封垫；压力平衡装置包括气压平衡细管，气压平衡细管一端固设在同化箱侧壁、与同化箱内部连通，另外一端连接气球或缓冲瓶。本发明可以保持被测对象正常生理、生态过程的前提下，快速、精确的确定体系中有效作用体积，消除被测对象形状不规则的干扰。