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本发明公开了基于波长调制的傅里叶域OCT系统色散补偿方法及系统，包括：S1，获取最佳调制系数C0；S2，进行色散补偿；所述S1包括：S11，采集八组干涉信号Si(λ)；S12，对八组干涉信号中的任一组干涉信号求得相位，对相位分布进行解包裹和相位线性拟合后，得到相位的非线性部分，即色散相位中的高阶分量e (λ)；S13，对八组干涉信号作波长调制，记录下波长调制后的八组干涉信号对应的八组振幅分布A i(z)，求得A i(z)的半高宽FWHM的平均值和均方差的乘积AVE×STD；S14，采用不同的调制系数重复进行S13，直到AVE×STD最小值出现，选择最小值对应的调制系数作为最佳调制系数C0。本发明色散补偿效果好，运算量少，减小了计算机的压力，保证了成像的实时性。