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本发明公开了一种基于工程化干细胞外泌体的组合物及其在治疗男性性功能障碍中的应用。所述组合物包含通过基因工程修饰的间充质干细胞外泌体，其表面展示靶向TβRⅡ和LOXL2的双功能融合多肽。所述融合多肽通过柔性连接子整合TβR‑PEP与LOXL2‑PEP，并引入HIV‑TAT穿透肽及自组装基序，形成纳米颗粒以延长半衰期。体外实验表明，该融合多肽对TβRⅡ和LOXL2的抑制效率显著优于单肽，且可协同逆转纤维化并促进血管新生。动物实验证实，负载融合多肽的外泌体显著改善糖尿病性ED大鼠的勃起功能。本发明通过双靶点协同、长效递送及多效修复机制，为男性性功能障碍提供了根治性治疗方案。