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本发明公开了一种三硅氧烷改性肌肽及其制备方法，其步骤为：在搅拌下，将肌肽溶液加入氢氧化钠溶液进行中和，中和结束后，将烯丙基缩水甘油醚滴加至反应体系中，滴加完后继续反应一定时间，反应完毕，将所得溶液进行减压蒸馏去除水分，得到2‑羟基‑3‑烯丙氧基肌肽钠盐；将所述2‑羟基‑3‑烯丙氧基肌肽钠盐与1,1,1,3,5,5,5‑七甲基三硅氧烷及催化剂加入反应釜中，在低碳醇溶剂存在下反应，反应完成后，蒸除低碳醇溶剂，得到三硅氧烷改性肌肽。该三硅氧烷改性肌肽比现有烷烃改性肌肽具有更高的表面活性，由于制备工艺过程简单，成本低廉，可满足工业化放大生产要求以及能使获得的三硅氧烷改性肌肽具备优良的表面活性且能在水溶液中聚集成胶束。