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本发明公开了一种超声辅助多通道多肽固相合成机构，包括支撑板和用于盛装反应液的反应缸体，反应缸体底部连接有抽滤接管；抽滤接管连接有抽真空软管；反应缸体顶面连接有若干连接磨口，每一连接磨口内分别插设有一多肽合成管，多肽合成管的底端设有砂芯滤芯；多肽合成管的中部设有磨砂连接部；支撑板上设有与反应缸体相适配的支撑凹槽，反应缸体放置在支撑凹槽内；支撑板下表面固定连接有超声波发生器。本发明使用超声波发生器来促进反应缸体内的液体与多肽合成管内树脂之间的接触，无须氮气搅拌也可以有效加速固相合成反应，与以往氮气搅拌相比不仅降低了成本，而且大大缩短了反应时间，并且无须搬运沉重的高压氮气瓶，降低了劳动强度。