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本发明公开了一种蕨菜中原蕨苷的分离纯化制备方法，属于医药生物技术领域。操作步骤如下：(1)将新鲜蕨菜，‑50℃以下冷冻干燥，粉碎，获得冻干粉；(2)将冻干粉进行正丁醇冷凝回流提取2遍，合并滤液，减压回收正丁醇得浸膏，冷冻干燥，获得正丁醇提取物；(3)将正丁醇提取物正向硅胶柱层析分离，使用氯仿‑甲醇梯度洗脱，减压浓缩，获得原蕨苷粗品；(4)将原蕨苷粗品进行C18反向柱纯化精制，30％甲醇除杂，45％甲醇洗脱，低温冷冻干燥除去溶剂，获得纯度大于98％的原蕨苷。本发明原蕨苷的提取率可达65％，为药物开发提供了可能；本发明具有分离样品量大、目标物质损失少、提取率高、装置简单、操作简便、适合工业化生产的优点。