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本发明公开了一种铜(II)配合物及其制备方法与应用。本发明通过将化合物A、甲基‑4‑氧‑1‑苯基‑1,4‑二氢哒嗪‑3‑羧酸、氢氧化钠、N,N’‑二甲基甲酰胺和水混合，将混合液在80～100℃下恒温反应70～74小时，得到反应产物，再将所述反应产物冷却析晶，将析晶产物依次进行冲洗、过滤和干燥后，得到铜(II)配合物，该配合物以铜(II)为中心离子，通过5‑甲基‑4‑氧‑1‑苯基‑1,4‑二氢哒嗪‑3‑羧酸配体羧基氧单齿桥联配位连接，通过分子间氢键相互作用形成一个三维超分子结构。本发明配合物对包括大肠杆菌和金黄色葡萄球菌在内的细菌繁殖的抑制。此外，本发明制备方法具有过程简单、操作方便、产率高、可重现性好等优点。