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本发明公开了一种水稻幼苗组织中的L-半胱氨酸的提取及其检测方法，包括以下步骤：S1、取样：取水稻幼苗叶片或根系组织，添加液氮后研磨成粉末；S2、提取：称取上述步骤S2制得的粉末0.1～0.2g，加入冰乙酸溶液1.0～5.0ml研磨5～10min后；再依次加入三氯乙酸溶液0.5～2.0ml和乙醇溶液0.5～2.0ml浸泡1～5min得到研磨液混合物；S3、收集：将步骤S2得到的研磨液混合物进行离心取上清液，即得含有L-半胱氨酸的提取液。取提取液，加入十六烷基三甲基溴化铵和1-氯-2，4-二硝基苯后，90～110℃下恒温反应，反应完后降温，通过比色分析法或吸光光度法测定含量。