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本发明公开了一种高品质生物基1,9‑壬二醇的制备方法，包括：原料植物油依次经酯交换反应、沉降、脂肪酸甲酯精制、臭氧氧化裂解反应、溶剂回收、酯化反应、壬二酸二甲酯精制和加氢反应的工序，得到高品质生物基1,9‑壬二醇。本发明实现了植物油脂原料的梯度、全组份利用：甘油三酯的油脂基部分用于生产高品质生物基1,9‑壬二醇，同时可副产棕榈酸甲酯、硬脂酸甲酯、丙酸、己酸、壬酸等副产品；甘油三酯的甘油基部分用于副产甘油产品。本发明利用酯化反应重构臭氧氧化裂解反应产物，将沸点较高的壬二酸单甲酯转化为沸点较低的壬二酸二甲酯，实现其与饱和脂肪酸甲酯的高效分离，壬二酸二甲酯作为原料经加氢反应后得到高品质的壬二醇产品，大幅降低生产成本。