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本发明涉及膜清洗技术领域，具体涉及一种复合石油降解菌清洗油污染超滤膜的方法,包括（1）菌种培养、（2）配制清洗液、（3）膜组件清洗、（4）膜组件冲洗，其中复合石油降解菌是以石油原油作为碳源的耐盐菌，优选包括炭疽杆菌、短小芽孢杆菌和索氏梭菌清，洗液中的活性泥团浓度为1～4 g/L，清洗温度为10～50℃。本发明的复合石油降解菌清洗油污染超滤膜的方法利用耐盐细菌分解油污，通过降解油污中的疏水物质转化为可溶于水的有机小分子物质，能够有效清除超滤膜中的不可逆油污染，将超滤膜的膜通量恢复至95%以上，同时可以多次清洗膜组件并且不会对膜组件材质造成损伤，适用于处理含盐含油污水的超滤膜的清洗。