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本发明涉及一种茶树油‑小檗碱抗菌复合悬乳剂及其的制备方法。该方法以具有强抗菌活性的茶树油和小檗碱或其衍生物为原料，通过乳化、复配，得到茶树油‑小檗碱悬乳剂。茶树油是一种天然植物精油，具有良好抗菌活性。小檗碱又名黄连素，是中药黄连、黄芩等的主要成分，各种微生物对其几乎不产生耐药性。本发明制备的茶树油‑小檗碱植物源抗菌复合悬乳剂，不仅有效抑制褐腐菌、霜霉菌，对番茄枯萎灰霉菌、灰葡萄胞霉、及引起采摘后水果腐烂的炭疽病菌有明显的抑制作用，还对植物的根腐病有一定的防效，很大程度上拓宽了抗菌谱，可以作为抗菌防腐添加剂，用于果蔬保鲜、化妆品等诸多领域，或作为农药用于防治植物病虫害。