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本发明公开了一种基于构型单元的层次化建模方法及系统，其方法包括：获取研究区辫状河储层各级构型单元的定量地质知识库；获取研究区取心井数据、及取心井附近距离的多个临近井的连井剖面；根据所述取心井数据及所述多个临近井的连井剖面建立各期河道中线，并根据所述各期河道中线及所述定量地质知识库，建立河道方向属性体；将所述取心井数据划分为与各级构型单元对应的多级井数据；根据所述定量地质知识库、河道方向属性体及多级井数据，建立多层级构型模型。因此本发明建立的多层级构型模型可表征辫状河沉积体系，可建立表征多层级构型单元‑泛滥平原泥、河道、心滩、夹层的多层级构型模型，同时对指导辫状河储层剩余气的预测具有重要意义。