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本发明公开了一种集装箱港口设备配置优化方法与系统，所述方法包括：(1)采集集装箱船舶装卸总量、期望装卸时间、各项设备的成本、各项设备的服务效率；(2)建立第一配置优化模型、第二配置优化模型；第一配置优化模型的目标函数为：完成装卸任务的装卸时长有弹性，即在期望装卸时间内完成有奖励，在期望时间外完成有惩罚的条件下，在规定时间内装卸总成本最低；第二配置优化模型的目标函数为：要求在期望装卸时间完成装卸任务的条件下，在规定时间内装卸总成本最低；(3)采用启发式算法求解第一配置优化模型、第二配置优化模型获取对应优化模型下最优解。本方法能够获得在规定时间内装卸的总成本最低、装卸服务时间最少的设备配置方案。