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本实用新型涉及制备设备技术领域，尤其涉及一种肠道菌群颗粒制备装置。其技术方案包括：所述挤出机的末端安装有端盖，所述端盖上设有孔板，所述挤出机内的原料通过孔板挤出，所述挤出机的末端连接有切断模块，所述切断模块设有固定板，所述固定板上安装有第二电机，所述第二电机的输出端安装有刀片，所述刀片对挤出机通过孔板挤出的原料切断；所述切断模块与挤出机的连接处罩设有护罩，所述护罩由两部分组成，且两部分护罩通过固定卡夹持固定，所述护罩的底端开设有下料口。本实用新型通过设置护罩，护罩保护切断模块和挤出机的连接处，防止物料飞溅和人员伤害，同时间接起到了导向颗粒的作用，从而减少了颗粒在出料过程中的弹跳和飞散。