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本发明提供一种红芪多糖修饰方法，首先，将红芪用复合酶酶解；然后，进行超声处理；最后，用乙醇沉淀；所述复合酶由纤维素酶和木瓜蛋白酶组成；所述用乙醇沉淀是加乙醇使乙醇体积浓度达到30‑85％。本发明提供了一种红芪多糖的修饰方法，通过一种酶解和超声结合的分子修饰技术，有效地提高了红芪多糖得率、纯度和水溶性；使用该方法可使红芪多糖发生降解、接枝和交联反应，进而使多糖分子量降低、空间构象发生改变，提高了多糖的生物活性，是一种简单方便、经济环保、效率高、能耗低、无污染的修饰技术。使用本发明的方法修饰的红芪多糖具有抗肝损伤、抗肝纤维化、抗骨质疏松、抗胃溃疡、降血糖、抗衰老、抗氧化、提高免疫力等生物活性。