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本发明公开了一种基于生态系统服务驱动因素的生态分区划分方法，包括：1）确定研究区域、时间范围以及主要生态系统服务；2）建立研究数据库并进行预处理，量化多年生态系统服务的值；3）通过改进的Pearson相关系数方法计算不同年生态系统服务与驱动因素的相关性，得到主要驱动因素；4）利用生态系统服务对主要驱动因素的响应，用加权方法评估计算不同生态系统服务能力的多年综合值；5）通过聚类方法得到主要驱动因素在空间上的聚类，得到具有相似特征的区域；6）整合优化破碎斑块，获得最终的生态分区。本发明从生态系统服务驱动响应机制角度对生态系统服务进行精准划定，为区域发展提供了有特点、科学可信的依据，具有协调区域权衡发展的作用。