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本发明涉及一种荧光检测碳酸酐酶活性的方法，属于碳酸酐酶活性检测技术领域。本发明公开了一种荧光检测碳酸酐酶活性的方法，主要是一种由能够杂交形成双链结构的两条碱基序列组成的荧光探针在结合碳酸酐酶(CA)催化得到的氢离子(H+)后荧光发生变化，从而根据荧光响度的变化来检测碳酸酐酶的活性。本发明的检测方法具有干扰小、灵敏高、背景信号低、准确度高的碳酸酐酶酶活检测新技术，解决了现有碳酸酐酶酶活检测方法中存在的缺陷和弊端，为避免利用藻类的吸收、富集和降解作用去除水质污染过程中水体藻类的异常生长(即赤潮现象)而导致的严重威胁水体的生态平衡提供技术支持，同时也为酶活性测定预测藻华提供理论支持。