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本发明公开了一种水产品中拟态弧菌的微滴式数字PCR快速检测方法，首先提取待测水产品样品增菌液的基因组DNA并稀释备用；再利用拟态弧菌基因组保守性DNA序列设计特异性引物和探针；然后使用该引物和探针对待测水产品样品增菌液的基因组DNA进行微滴式数字PCR扩增和检测。经PCR扩增后，采用微滴分析仪逐个对每个微滴进行检测，有荧光信号的微滴判读为1，没有荧光信号的微滴判读为0，最终根据泊松分布原理以及阳性微滴的比例，计算出待检靶分子的浓度或拷贝数。微滴式数字PCR可以直接得出DNA分子的个数，能对水产品中的拟态弧菌进行绝对定量。具有灵敏高、定量精确、检测的线性范围宽、特异性好、费用适中的优点。